Морфологический разбор

молекулой
имя существительное

Произношение
моле́кулой
Начальная формамолекула
Типнарицательное
Одушевленностьнеодушевлённое
Склонение1-e склонение
Родженский
Числоединственное
Падежтворительный

Склонение существительного «молекулой»

падежед. ч.мн. ч.
Им.молекуламолекулы
Рд.молекулымолекул
Дт.молекулемолекулам
Вн.молекулумолекулы
Тв.молекулоймолекулоюмолекулами
Пр.молекулемолекулах

Морфемный разбор (по составу) существительного «молекулой»

молекулой

молекул — корень,

ой — окончание.