Морфологический разбор

молекулами
имя существительное

Произношение
моле́кулами
Начальная формамолекула
Типнарицательное
Одушевленностьнеодушевлённое
Склонение1-e склонение
Родженский
Числомножественное
Падежтворительный

Склонение существительного «молекулами»

падежед. ч.мн. ч.
Им.молекуламолекулы
Рд.молекулымолекул
Дт.молекулемолекулам
Вн.молекулумолекулы
Тв.молекулоймолекулоюмолекулами
Пр.молекулемолекулах

Морфемный разбор (по составу) существительного «молекулами»

молекулами

молекул — корень,

ами — окончание.