Морфологический разбор

атомами
имя существительное

Произношение
а́томами
Начальная формаатом
Типнарицательное
Одушевленностьнеодушевлённое
Склонение2-e склонение
Родмужской
Числомножественное
Падежтворительный

Склонение существительного «атомами»

падежед. ч.мн. ч.
Им.атоматомы
Рд.атомаатомов
Дт.атомуатомам
Вн.атоматомы
Тв.атомоматомами
Пр.атомеатомах

Морфемный разбор (по составу) существительного «атомами»

атомами

атом — корень,

ами — окончание.