Морфологический разбор

микроорганизмом
имя существительное

Произношение
мѝкрооргани́змом
Начальная формамикроорганизм
Типнарицательное
Одушевленностьнеодушевлённое
Склонение2-e склонение
Родмужской
Числоединственное
Падежтворительный

Склонение существительного «микроорганизмом»

падежед. ч.мн. ч.
Им.микроорганизммикроорганизмы
Рд.микроорганизмамикроорганизмов
Дт.микроорганизмумикроорганизмам
Вн.микроорганизммикроорганизмы
Тв.микроорганизмоммикроорганизмами
Пр.микроорганизмемикроорганизмах

Морфемный разбор (по составу) существительного «микроорганизмом»

микроорганизмом

микро — приставка,

орган — корень,

изм — суффикс,

ом — окончание.