Морфологический разбор

микроструктурой
имя существительное

Произношение
мѝкрострукту́рой
Начальная формамикроструктура
Типнарицательное
Одушевленностьнеодушевлённое
Склонение1-e склонение
Родженский
Числоединственное
Падежтворительный

Склонение существительного «микроструктурой»

падежед. ч.мн. ч.
Им.микроструктурамикроструктуры
Рд.микроструктурымикроструктур
Дт.микроструктуремикроструктурам
Вн.микроструктурумикроструктуры
Тв.микроструктуроймикроструктуроюмикроструктурами
Пр.микроструктуремикроструктурах

Морфемный разбор (по составу) существительного «микроструктурой»

микроструктурой

микро — приставка,

структур — корень,

ой — окончание.