Морфологический разбор

флаг-капитаном
имя существительное

Произношение
фла̀г-капита́ном
Начальная формафлаг-капитан
Типнарицательное
Одушевленностьодушевлённое
Склонение2-e склонение
Родмужской
Числоединственное
Падежтворительный

Склонение существительного «флаг-капитаном»

падежед. ч.мн. ч.
Им.флаг-капитанфлаг-капитаны
Рд.флаг-капитанафлаг-капитанов
Дт.флаг-капитануфлаг-капитанам
Вн.флаг-капитанафлаг-капитанов
Тв.флаг-капитаномфлаг-капитанами
Пр.флаг-капитанефлаг-капитанах

Морфемный разбор (по составу) существительного «флаг-капитаном»

флаг-капитаном

флаг — корень,

капитан — корень,

ом — окончание.